Храм построен в 1857 году архитектором А. Тоном (перестроен А. Подьяковым). Церковь известна тем, что это единственный православный храм с витражным иконостасом.
Иконостас достался этой церкви из домашнего храма Юзефовича, владельца издания «Южный Край», чей загородный дом впоследствии станет харьковским Дворцом бракосочетания. Домовой храм Юзефовича находился на Сумской улице, 13. Иконостас заказали в 1905-м году в Мюнхене в мастерской Ф. Цеттлера. До 1943 года иконостас пребывал в музее атеизма. После этого был передан в Иоанно-Усекновенский храм. В этот же год здесь возобновили богослужения.
.
Кстати, изначально церковь находилась на территории кладбища, которое было уничтожено. Так же, в храме сохранились росписи периода восстановления в 1970-х годах. Одна из них – копия картины «Явление Христа народу» Иванова, отмасштабированная до размера стены храма.
